N-Glycoproteome of E14.Tg2a Mouse Embryonic Stem Cells
Notice bibliographique
Résumé
E14.Tg2a mouse embryonic stem (mES) cells are a widely used host in gene trap and gene targeting techniques. Molecular characterization of host cells will provide background information for a better understanding of functions of the knockout genes. Using a highly selective glycopeptide-capture approach but ordinary liquid chromatography coupled mass spectrometry (LC-MS), we characterized the N-glycoproteins of E14.Tg2a cells and analyzed the close relationship between the obtained N-glycoproteome and cell-surface proteomes. Our results provide a global view of cell surface protein molecular properties, in which receptors seem to be much more diverse but lower in abundance than transporters on average. In addition, our results provide a systematic view of the E14.Tg2a N-glycosylation, from which we discovered some striking patterns, including an evolutionarily preserved and maybe functionally selected complementarity between N-glycosylation and the transmembrane structure in protein sequences. We also observed an environmentally influenced N-glycosylation pattern among glycoenzymes and extracellular matrix proteins. We hope that the acquired information enhances our molecular understanding of mES E14.Tg2a as well as the biological roles played by N-glycosylation in cell biology in general.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».