Deamidation of -Asn-Gly- Sequences during Sample Preparation for Proteomics: Consequences for MALDI and HPLC-MALDI Analysis
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
We find that peptides containing -Asn-Gly- sequences typically show approximately 70-80% degree of deamidation after standard overnight (approximately 12 h) tryptic digestion at 37 degrees C. This emphasizes the need for more detailed information about the deamidation reaction in -Asn-Gly- sequences, in which two deamidated species are produced, one containing an aspartic acid (-Asp-Gly-) residue and the other containing an isoaspartic acid (-betaAsp-Gly-) residue. For the peptide SLNGEWR (54-60 beta-galactosidase, E. coli), all three components of the reaction mixture were separated by HPLC on C18 300-A sorbent, with trifluoroacetic acid as an ion-pairing modifier. Their intensity ratios suggested the elution order -betaAsp-/-Asn-/-Asp-, which was subsequently confirmed by MALDI MS and MS/MS analysis. The kinetics of the deamidation was studied in detail for the synthetic SLNGEWR parent using RP HPLC with UV detection. The half-life of this peptide was found to be approximately 8 h under digestion conditions. Analysis of a large pool of peptide retention data shows that the -betaAsp-/-Asn-/ -Asp- retention order is normally observed under the above conditions, especially if the original -NG- sequence is surrounded by hydrophobic amino acids. However, changing chromatographic conditions to 100-A pore size sorbents, or using formic acid as a modifier, increases the retention time of -betaAsp- relative to the -Asn-/-Asp- pair, so the order can sometimes be different.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle