Identification of Two Independent Risk Factors for Lupus within the MHC in United Kingdom Families
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The association of the major histocompatibility complex (MHC) with SLE is well established yet the causal variants arising from this region remain to be identified, largely due to inadequate study design and the strong linkage disequilibrium demonstrated by genes across this locus. The majority of studies thus far have identified strong association with classical class II alleles, in particular HLA-DRB1*0301 and HLA-DRB1*1501. Additional associations have been reported with class III alleles; specifically, complement C4 null alleles and a tumor necrosis factor promoter SNP (TNF-308G/A). However, the relative effects of these class II and class III variants have not been determined. We have thus used a family-based approach to map association signals across the MHC class II and class III regions in a cohort of 314 complete United Kingdom Caucasian SLE trios by typing tagging SNPs together with classical typing of the HLA-DRB1 locus. Using TDT and conditional regression analyses, we have demonstrated the presence of two distinct and independent association signals in SLE: HLA-DRB1*0301 (nominal p = 4.9 x 10(-8), permuted p < 0.0001, OR = 2.3) and the T allele of SNP rs419788 (nominal p = 4.3 x 10(-8), permuted p < 0.0001, OR = 2.0) in intron 6 of the class III region gene SKIV2L. Assessment of genotypic risk demonstrates a likely dominant model of inheritance for HLA-DRB1*0301, while rs419788-T confers susceptibility in an additive manner. Furthermore, by comparing transmitted and untransmitted parental chromosomes, we have delimited our class II signal to a 180 kb region encompassing the alleles HLA-DRB1*0301-HLA-DQA1*0501-HLA-DQB1*0201 alone. Our class III signal importantly excludes independent association at the TNF promoter polymorphism, TNF-308G/A, in our SLE cohort and provides a potentially novel locus for future genetic and functional studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle