Quantification of Viable but Nonculturable <i>Escherichia coli</i> O157:H7 by Targeting the <i>rpoS</i> mRNA
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli O157:H7 easily becomes viable but nonculturable (VBNC) under environmental stresses and escapes detection by current methods. Here, we report a unique method enabling the quantification of VBNC E. coli O157:H7 using a selective marker within the rpoS gene. A nucleotide at position +543 within the rpoS gene open reading frame was identified to be unique to E. coli O157:H7. Specifically designed primers and probe combinations were able to differentiate E. coli O157:H7 from closely related bacteria and other common bacteria. The application of this strategy correctly identified 36 clinical and bovine isolates of E. coli O157:H7. A one-step quantification method combining reverse transcription (RT) and real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) was developed to provide a linear relationship (R(2) > 0.99) of copies of RNA with threshold cycles (Ct) and the capability of detecting a single copy of rpoS RNA standards. This technique was used to determine the copies of the rpoS mRNA in culturable cells at different growth phases (mid-log, late-log, and stationary phase) to be 1.57, 0.56, and 0.41 copies/CFU, respectively. VBNC E. coli O157:H7 was determined to have one copy of the rpoS mRNA for every 10 cells, and no rpoS mRNA was detected in 10(6) dead cells and negative controls. This technique had a linear dynamic range over 6 orders of magnitude and >90% amplification efficiency for tap and river water samples. It was able to selectively quantify as few as 7 E. coli O157:H7 cells in pure culture, 9 culturable cells in tap water and river water, and 23 VBNC cells in river water, demonstrating the best quantification limits for culturable and VBNC E. coli O157:H7 in environmental water.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».