Succession and community composition of ammonia-oxidizing archaea and bacteria in bulk soil of a Japanese paddy field
Notice bibliographique
Résumé
The present study describes succession in the abundances of ammonia-oxidizing archaea (AOA) and ammonia-oxidizing bacteria (AOB) in the upland and flooded bulk soils of a Japanese rice paddy field over 2 years using a quantitative polymerase chain reaction of both crenarchaeotal and betaproteobacterial ammonia monooxygenase alpha subunit (amoA) genes. A marked increase in the abundance of AOA amoA gene was observed in upland bulk soil after plowing, drainage and rice harvesting. A marked increase was also observed in the abundance of AOB amoA gene after plowing. The abundances of both AOA and AOB amoA genes in flooded bulk soil decreased immediately after flooding. During the middle period of flooding, the abundance of AOA amoA gene increased slightly in the flooded bulk soil. As the flooding subsided, the abundance of AOA amoA gene decreased, whereas that of AOB amoA gene increased. The AOA amoA gene sequences were affiliated with two phylogenetic clusters previously found in marine and soil environments. Both Nitrosospira-like and Nitrosomonas-like clones were detected. Our results revealed that there was a difference in the succession of abundances between AOA and AOB amoA genes in Japanese bulk paddy soil.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».