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Enregistrement W2011558612 · doi:10.1128/aac.49.2.864-865.2005

First Extended-Spectrum-β-Lactamase (CTX-M-15)-Producing <i>Salmonella enterica</i> Serotype Typhimurium Isolate Identified in Lebanon

2005· letter· en· W2011558612 sur OpenAlexaboutno aff
Carole Ayoub Moubareck, Florence Doucet‐Populaire, Monzer Hamzé, Ziad Daoud, François‐Xavier Weill

Notice bibliographique

RevueAntimicrobial Agents and Chemotherapy · 2005
Typeletter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSalmonella entericaSerotypeSalmonellaMicrobiologyEnterobacteriaceaeBiologyVirologyEscherichia coliBacteriaGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In Salmonella, most extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) are derivatives of TEM and SHV β-lactamase families, although other groups, including PER and CTX-M, have been described recently (1, 2). CTX-M-type ESBLs display levels of resistance to cefotaxime and ceftriaxone significantly higher than those to ceftazidime (2). Since 1995, CTX-M-type ESBLs have disseminated dramatically in several parts of the world (1). In January 2004, a Salmonella enterica serotype Typhimurium isolate, CAM18, was recovered from a stool specimen collected from a 6-year-old child upon admission to a hospital in Northern Lebanon. The child had no history of travel. The isolate had a high resistance level to cefotaxime and ceftazidime and was also resistant to several aminoglycosides, sulfamethoxazole-trimethoprim, and tetracycline. It was susceptible to cefoxitin, imipenem, quinolones, and chloramphenicol. ESBL production was detected by the double-disk synergy test (6). The ESBL phenotype was transferred to Escherichia coli K-12 resistant to nalidixic acid with an efficiency of 10−2 per donors. Certain transconjugants also acquired resistance to tetracycline and kanamycin (TC-pCAM18-1), while others acquired resistance to tetracycline alone (TC-pCAM18-2). The addition of clavulanic acid reduced the MICs of all β-lactams tested (Table ​(Table11). TABLE 1. Characteristics of S. enterica serotype Typhimurium CAM18, E. coli K-12, and two transconjugants Results of isoelectric focusing (8) and of amplifications using TEM, SHV, CTX-M, and OXA-1 primers (3, 10, 11) are shown in Table ​Table1.1. The β-lactamase with a pI of 5.4 was most probably TEM-1. Sequencing of blaOXA-1 amplicons revealed the presence of OXA-30, a β-lactamase with a pI of 7.3 differing from OXA-1 by one amino acid and recently reported in E. coli (4) and S. enterica serotype Typhimurium (5). Sequencing of blaCTX-M amplicons revealed that coding regions were 100% identical to the coding region of the blaCTX-M-15 gene (GenBank accession number {type:entrez-nucleotide,attrs:{text:AY044436,term_id:15636728,term_text:AY044436}}AY044436). Amplification and sequencing of the entire coding sequence of blaCTX-M-15 (14) confirmed that the β-lactamase with a pI of 8.6 was CTX-M-15, an enzyme that has been previously identified by several researchers (for a recent review, see reference 1). Unlike most CTX-M enzymes, CTX-M-15, an Asp-240-Gly variant of CTX-M-3, increased the catalytic efficiency against ceftazidime (12), as observed with MIC results (Table ​(Table11). The presence of ISEcp1, a mobile sequence located upstream of several CTX-M genes, was investigated by a PCR assay as previously described (13). Sequencing of PCR products obtained with isolate CAM18 and transconjugants revealed that the ISEcp1 element was located in the same position as that found in Indian and Turkish isolates (7, 9). Moreover, the 160-bp sequence upstream of blaCTX-M-15 was 100% identical to the corresponding sequences of Indian (GenBank accession number {type:entrez-nucleotide,attrs:{text:AY044436,term_id:15636728,term_text:AY044436}}AY044436) and Canadian (accession number {type:entrez-nucleotide,attrs:{text:AY458016,term_id:38606064,term_text:AY458016}}AY458016) isolates. Kanamycin resistance was associated only with strain TC-pCAM18-1, while tetracycline resistance was exhibited by both transconjugants. This result in addition to plasmid purification revealed that blaTEM and kanamycin resistance genes reside on a plasmid of 20 kb and blaCTX-M-15, blaOXA-30, and tetracycline resistance genes reside on a larger plasmid of 60 kb. We report for the first time the isolation of a CTX-M-type ESBL in Lebanon. In addition, this is also the first report of an ESBL-producing Salmonella in Lebanon. A study done in 2003 at St. George hospital (Beirut, Lebanon) on 49 Salmonella strains showed 100% susceptibility to ceftazidime and cefotaxime (Z. Daoud, personal communication). The appearance of the CTX-M-15-producing S. enterica serotype Typhimurium in the community in 2004 is a serious threat to public health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,027

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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