Rediscovery of the Yesso scallop pathogen Perkinsus qugwadi in Canada, and development of PCR tests
Notice bibliographique
Résumé
Perkinsus qugwadi, a pathogenic protozoan parasite of Yesso scallops Patinopecten yessoensis, is found only in cultured populations in British Columbia, Canada. This pathogen was first identified in 1988 and caused significant mortalities at some locations during the early 1990s. Prevalence of infection decreased dramatically following 1995, and the disease was last reported in 1997, leading to speculation that the Yesso scallop stocks in Canada had developed resistance to the disease, or that P. qugwadi had disappeared. However, the present study revealed that infection with P. qugwadi and associated mortality is still occurring in scallops from at least one location in British Columbia. One of the PCR tests developed for P. qugwadi detected the parasite in a 105-fold dilution of DNA extracted from a heavily infected sample and detected 52% more positive scallops than histology; however, the assay also cross-reacted with P. honshuensis and P. olseni. The other PCR test was less sensitive and detected 34% more positives, but did not react to any of the other Perkinsus species tested, suggesting that these PCR tests are powerful tools for screening for the presence of P. qugwadi. Phylogenetic analysis of 1796 bp of SSU rRNA gene sequence clearly indicated that P. qugwadi is positioned basally to other Perkinsus species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».