SIPK conditions transcriptional responses unique to either bacterial or oomycete elicitation in tobacco
Notice bibliographique
Résumé
SUMMARY The mitogen-activated protein kinase, SIPK (salicylic acid-induced protein kinase), is known to be rapidly activated in tobacco (Nicotiana tabacum) by various elicitors. However, SIPK activation induced by the oomycete elicitor, beta-megaspermin, is reported to require external calcium influx, whereas that induced by the bacterial elicitor, hrpZ(Psph), does not. This suggests that SIPK activation is involved in different elicitor-initiated signalling pathways, and raises the question of whether the role(s) of SIPK in mediating stress outcomes, including transcriptional re-programming, differs in an elicitor-specific manner. To examine this, we compared the impact of silencing SIPK on the transcript profile of tobacco suspension culture cells challenged with either hrpZ(Psph) or beta-megaspermin. SIPK-silencing was found to have a substantial impact on both hrpZ(Psph)- and beta-megaspermin-induced transcriptional responses, and these impacts included both common and elicitor-differentiated features. As well as revealing a role for SIPK in modulating expression of known redox- and defence-related genes in response to both elicitors, our analysis detected a substantial impact of SIPK silencing on transcription of 80S ribosomal subunit mRNAs. This novel observation suggests that SIPK may play a role in affecting translation efficiency as one mechanism for enacting rapid genome-wide, elicitor-specific physiological reprogramming during defence responses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».