Abstract 3645: Integrative molecular profiling in serous epithelial ovarian cancer for identification of biomarkers of chemoresistance
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ovarian cancer is the fifth leading cause of death due to gynecological cancers in women in the western world. Development of primary resistance to carboplatin and paclitaxel poses a major challenge in the management of serous epithelial ovarian cancer. To identify the molecular mechanisms underlying the development of instrinsic resistance upon exposure to standard first-line therapy for ovarian cancer, we used microarrays to profile the 1) copy number alteration and SNP, 2) mRNA, 3) miRNA and 4) methylation signatures in a cohort comprising 11 chemoresistant and 14 chemosensitive tumour samples. Copy number analysis showed significant copy number alterations in the chemoresistant group (gains on chromosomal regions, 4q, 6q, 8p, 8q, 19q, 7q and 22q; losses on 8p and 10q) compared to the sensitive group. Gene expression data analysis using R/bioconductor revealed a set of 248 discriminating genes in the two cohorts. Pathway analysis of these genes using Ingenuity Pathway Analysis revealed enrichment in genes primarily involved in epithelial to mesenchymal transition and PI3 Kinase pathway. Additionally, genes related to the pro-inflammatory cytokine pathways, as well as drug transport demonstrated significant differential expression between the two groups. Ongoing concurrent comparative analyses of miRNA profiles within this cohort have also identified several differentially expressed transcripts including mir-34b, mir-155, mir-214, mir-200c and mir-143. Some of these miRNAs have been earlier reported to be associated with tumour progression. Further integrated analysis will elucidate the synergistic roles that the genetic and epigenetic alterations in the deregulation of these and other pathways involved in primary chemoresistance. Our research findings will yield diagnostic and prognostic biomarkers that will lead to development of specific treatment regimens for the improved control of serous epithelial ovarian cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 3645. doi:1538-7445.AM2012-3645
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».