MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2012477728 · doi:10.5197/j.2044-0588.2011.023.015

First report of <i>Pepper chat fruit viroid</i> in capsicum pepper in Canada

2011· article· en· W2012477728 sur OpenAlexaboutno aff
J. Th. J. Verhoeven, Marleen Botermans, C. C. C. Jansen, J. W. Roenhorst

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPepperViroidPotato spindle tuber viroidInoculationBiologyHorticultureCapsicum annuumSolanumGenBankCultivarChlorosisBotanyPlant virusVirusVirologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In the summer of 2009 in a greenhouse in the south of Ontario, Canada, up to 3% of the plants of the pepper cvs. Score and Lamborgini (Capsicum annuum) showed mild growth reduction and abnormally small fruits (Fig. 1). Symptoms were observed spreading along the rows. These observations suggested the presence of Pepper chat fruit viroid (PCFVd), a viroid recently described infecting capsicum pepper in the Netherlands (Verhoeven et al., 2009). For diagnosis, two small-sized pepper fruits of cultivar Lamborgini were sent by the grower to the Plant Protection Service of the Netherlands. The fruits were tested in a single sample by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) with primer pairs Pospi1-RE/FW (Verhoeven et al., 2004) and AP-FW1/RE2 (Verhoeven et al., 2009), which produced amplicons of 193 and 335 bp for PCFVd, respectively. The complete viroid genome of 348 nt was derived from overlapping sequence fragments, after directly sequencing RT-PCR products (GenBank Accession No. HQ731652). BLAST analysis of the obtained sequence showed a 100% of sequence identity to that of the PCFVd isolate from the Netherlands (FJ409044) (Verhoeven et al., 2009). In addition, the Canadian isolate was mechanically inoculated to young plants, four each for capsicum pepper cv. Yolo Wonder and tomato (Solanum lycopersicum) cv. Moneymaker. The tomato plants developed symptoms after four weeks of inoculation, including chlorosis and stunting, whereas no symptoms were observed on the post-inoculated pepper plants. After six weeks, the presence of the viroid in the post-inoculated plants was confirmed for both plant species by RT-PCR with primers Pospi1-RE/FW in bulked samples of four plants. Although PCFVd may be transmitted through capsicum pepper seed, a direct relationship between the outbreaks in Canada and the Netherlands seems unlikely as different cultivars from different seed companies were involved (Verhoeven et al., 2009). Symptomless infected ornamental host plants may have been the source of infection of pepper plants in the Ontario greenhouse, as reported for the Potato spindle tuber viroid in tomato. Thus ornamentals may pose a phytosanitary risk for vegetable crops (Navarro et al., 2009; Verhoeven et al., 2010). The grower was encouraged to notify the Canadian phytosanitary authorities of these findings.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,083
Score d'incertitude au seuil0,167

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0040,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,186 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNew Disease ReportsMême sujetPlant Virus Research StudiesTravaux en français237 207