Characterization of a major histocompatibility class II <i>A </i>gene (<i>Clha‐DAA</i>) with an embedded microsatellite marker in Atlantic herring (<i>Clupea harengus </i>L.)
Notice bibliographique
Résumé
An Atlantic herring major histocompatibility class II A ( Clha‐DAA ) cDNA sequence has been characterized and was shown to encode a leader peptide, alpha‐1 domain, alpha‐2 domain, connecting peptide, transmembrane and cytoplasmic region. The Clha‐DAA protein sequence has all the characteristics of a teleost class II A protein with conserved cysteines in both the alpha‐1 and the alpha‐2 domains and two potential N‐linked glycosylation sites. Exon 2 sequences encoding the polymorphic alpha‐1 domain from different individuals were analysed and revealed the presence of at least two loci. The Clha‐DAA gene consists of four exons and three short introns. Four unique intron 3 sequences from multiple individuals were obtained and were shown to contain a (TG) n microsatellite sequence. Primers were optimized such that only a single microsatellite locus designated Clha‐DAA‐INTR3 was amplified. Four herring populations from the North Sea and the Baltic Sea were genotyped for Clha‐DAA‐INTR3 . In total, 16 Clha‐DAA‐INTR3 alleles were detected; the distribution of the alleles showed no deviation from Hardy–Weinberg expectation. Levels of genetic differentiation among samples were of similar magnitude as have been reported earlier for neutral microsatellite loci between northern North Sea and Baltic Sea herring populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».