Endogenous retroviral long terminal repeats as host gene promoters in normal and cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
The human genome contains nearly 400,000 sequences related to retroviruses that have accumulated due to ancient infections of the germ line and subsequent fixation during evolution. Most of these endogenous retroviral sequences (ERVs) currently exist as solitary long terminal repeats (LTRs), the product of recombination between LTRs of the integrated proviral form. Since retroviral LTRs naturally contain transcriptional promoters and enhancers, these sequences have great potential to impact regulation of individual genes and gene regulatory networks. Numerous cases of LTRs serving as promoters for human genes have been described by our group and others, and some examples will be presented. While such co-option of LTRs as regulatory gene modules indeed occurs in normal cells, particularly in placenta or in early development, transcriptional activity of most endogenous LTRs is epigenetically suppressed in somatic tissues, likely as a host defense against unregulated transcription. Cancer cells represent an abnormal epigenetic environment where LTRs and other classes of transposable elements (TEs) are often hypomethylated, leading to their transcriptional activation. This activation could result in abnormal, cancer-specific expression of nearby genes. To study this phenomenon, we are analyzing whole transcriptome data of cancers specifically to identify gene deregulation due to transcriptional activity of LTRs or other TEs. Our results suggest that the regulatory potential of these sequences is often used by cancer cells, providing one avenue to up-regulate genes. Thus, while some LTRs/TEs have been co-opted to serve in normal gene expression, the same regulatory qualities can be exploited in carcinogenesis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».