Characterizing polyploidy in<i>Arabidopsis lyrata</i>using chromosome counts and flow cytometry
Notice bibliographique
Résumé
Protocols were developed for both chromosome counts and flow cytometry to assess ploidy level and DNA content for populations of Arabidopsis lyrata L. sampled from Europe (Arabidopsis lyrata subsp. petraea), North America (Arabidopsis lyrata subsp. lyrata), and Japan (Arabidopsis lyrata subsp. kawasakiana). Ploidy variation within this species is not clear, with previous studies having documented both diploid and tetraploid populations. Chromosome counts in this study confirmed ploidy expectations for all populations examined. Individuals from Iceland and North America were diploid (2n = 2x = 16), whereas those from Japanese and Austrian populations were tetraploid (2n = 4x = 32). Flow cytometry was also used successfully to distinguish between ploidy levels, but the need to calibrate DNA content measures with chromosome counts was demonstrated by a deviation from the expected 2:1 ratio between tetraploid and diploid values among European populations (A. lyrata subsp. petraea). This deviation might be explained by a hybrid (allopolyploid) origin or by genomic changes following polyploidization, emphasizing the dynamic nature of polyploid genomes. Variation in DNA content among families was found only for North American populations, but these individuals were sampled from a broader geographic range than those from other regions.Key words: cytogenetics, flow cytometry, polyploidy, Arabidopsis lyrata, genome size, chromosome counts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».