The Complex Genetic Context of blaPER-1 Flanked by Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements in Acinetobacter johnsonii
Notice bibliographique
Résumé
On a large plasmid of Acinetobacter johnsonii strain XBB1 from hospital sewage, blaPER-1 and ISCR1 were found in a complex Tn402-like integron carrying an arr3-aacA4 cassette array. The integron was truncated by the same 439-bp miniature inverted-repeat transposable element (MITE) at both ends. blaPER-1 and its complex surroundings might have been mobilized by the MITEst into an orf of unknown function, evidenced by the presence of the characteristic 5-bp direct target repeats. The same 439-bp MITEs have also been found flanking class 1 integrons carrying metallo-β-lactamases genes bla IMP-1, bla IMP-5 and bla VIM-2 before but without ISCR1. Although the cassette arrays are different, integrons have always been truncated by the 439-bp MITEs at the exact same locations. The results suggested that MITEs might be able to mobilize class 1 integrons via transposition or homologous recombination and therefore represent a possible common mechanism for mobilizing antimicrobial resistance determinants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».