Substrate-assisted Catalysis in the Aminoacyl Transfer Mechanism of Histidyl−tRNA Synthetase: A Density Functional Theory Study
Notice bibliographique
Résumé
Density functional theory methods have been used to investigate possible mechanisms of the second half-reaction of aminoacylation catalyzed by histidyl-tRNA synthetase: transfer of the aminoacyl moiety from histidyl-adenylate to the terminal adenosine (A76) of tRNA. The properties of the two mechanistically important nonbridging phosphate oxygens of the histidyl-adenylate in the substrate-bound complex were first considered. It is found that the nonbridging pro-S oxygen is slightly more basic than the pro-R oxygen due to the fact that the former is involved in a weaker hydrogen bonding network than the latter. Three possible mechanisms in which the proton of the 3'-OH group of A76 transfers to the bridging phosphate oxygen and the nonbridging pro-R and -S oxygens were then investigated. When the bridging phosphate oxygen acts as the base, the reaction occurs via a four-membered ring transition structure with a considerably high barrier. When the pro-R oxygen acts as the base, a concerted mechanism was again found. However, it proceeds via a six-membered ring transition structure. In contrast, when the pro-S oxygen acts as a base, an associative stepwise mechanism was found which, furthermore, also had the lowest barrier of the three mechanisms obtained. Comparisons of these three mechanisms and reasons for the differences in barriers are also provided.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».