Proteomic Validation of Protease Drug Targets: Pharmacoproteomics of Matrix Metalloproteinase Inhibitor Drugs Using Isotope-Coded Affinity Tag Labelling and Tandem Mass Spectrometry
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
We illustrate the use of quantitative proteomics, namely isotope-coded affinity tag labelling and tandem mass spectrometry, to assess the targets and effects of the blockade of matrix metalloproteinases by an inhibitor drug in a breast cancer cell culture system. Treatment of MT1-MMP-transfected MDA-MB-231 cells with AG3340 (Prinomastat) directly affected the processing a multitude of matrix metalloproteinase substrates, and indirectly altered the expression of an array of other proteins with diverse functions. Therefore, broad spectrum blockade of MMPs has wide-ranging biological consequences. In this human breast cancer cell line, secreted substrates accumulated uncleaved in the conditioned medium and plasma membrane protein substrates were retained on the cell surface, due to reduced processing and shedding of these proteins (cell surface receptors, growth factors and bioactive molecules) to the medium in the presence of the matrix metalloproteinase inhibitor. Hence, proteomic investigation of drug-perturbed cellular proteomes can identify new protease substrates and at the same time provides valuable information for target validation, drug efficacy and potential side effects prior to commitment to clinical trials.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle