Occurrence of <i>Tomato chlorosis virus</i> on tomato in Réunion Island
Notice bibliographique
Résumé
Pronounced yellowing symptoms on the lower and middle leaves of tomato plants, similar to those caused by magnesium deficiencies, were observed in 2004 and 2005 in farmers’ greenhouses in Réunion Island, situated east of Madagascar in the Indian Ocean. Yellow-leaf symptoms included irregular chlorotic mottling, and the interveinal areas of leaves developed red or brown necrotic flecks. Fruit size was reduced on plants with symptoms and yields were indirectly affected. The flame-like pattern of the discoloured leaves, and the abundance of whiteflies on affected plants, suggested the possible involvement of Tomato chlorosis virus (ToCV) or Tomato infectious chlorosis virus (TICV) (Closteroviridae, Crinivirus) (Wisler et al., 1998). Twenty leaf samples with symptoms were collected from tomato plants in March 2005, and total RNA was extracted from these samples using the Qiagen RNeasy Plant Mini kit. For the detection of a potential crinivirus, a nested PCR was performed (Dovas et al., 2002). The method consisted of a one-step RT–PCR using primers HS-11 and HS-12, followed by nested PCR with primers TIC-3/TIC-4 and ToC-5/ToC-6, for detecting TICV or ToCV, respectively. These primers were designed to amplify the highly conserved region of the heat-shock protein 70 gene. A PCR product of the expected size was observed with ToCV primers for 14 of the 20 leaf samples. No PCR product was observed for the PCR performed with TICV primers. Three PCR products were cloned using pGEM-T easy vector system II (Promega), and sequenced (Genome Express) (EMBL accession nos AJ968394, AJ968395 and AJ968396). Sequences obtained from the three samples had 99·5% nucleotide identity when aligned (dnaman, Lynnon BioSoft, Quebec, Canada). The most significant sequence alignments (NCBI, blastn) were 98% with ToCV isolates from the USA (GenBank accession no. AF024630), Spain (GenBank accession nos AF233435, AF215818 and AF215817) and Italy (GenBank accession nos AF234029 and AY048854). This is the first report of the presence of ToCV in Réunion Island. This study was funded by the Conseil Régional de La Réunion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».