Proteins <i>in vacuo</i>: Denaturing and folding mechanisms studied with computer‐simulated molecular dynamics
Notice bibliographique
Résumé
Abstract I. Introduction 402 II. Experiments and Simulations: Background 403 III. Unfolding Studies 406 A. Centrifugal Unfolding of Neutral Proteins 407 B. Unfolding by Coulombic Repulsion 409 C. Unfolding by Screened van der Waals Attraction 411 IV. Refolding Studies 412 V. Closing Remarks 414 VI. Acknowledgments 415 Appendix 1. Molecular Shape Descriptors for Protein Backbones 416 Appendix 2. MD Simulations 417 References 419 Mounting evidence from experiments suggests that the native fold in solution is metastable in dehydrated proteins. Results from a number of experiments that use mass spectrometry indicate also that folding–unfolding transitions take place in protein ions even in the absence of water. These observations on anhydrous proteins call for a re‐evaluation of our understanding of the folding transition. In this context, computer‐assisted simulations are an important complementary tool. Here, we provide an overview of recent progress on the simulation of proteins in vacuo . In particular, we discuss the response of proteins and protein ions to perturbations that trigger unfolding and re‐folding transitions. By comparing the general patterns emerging from theory and experiment, we propose a series of new measurements that could help to validate, and improve, current simulation models. © 2002 Wiley Periodicals, Inc., Mass Spec Rev 20:402–422, 2001; Published online in Wiley InterScience ( www.interscience.wiley.com ). DOI 10.1002/mas.10012
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».