General Enzymatic Screens Identify Three New Nucleotidases in Escherichia coli
Notice bibliographique
Résumé
To find proteins with nucleotidase activity in Escherichia coli, purified unknown proteins were screened for the presence of phosphatase activity using the general phosphatase substrate p-nitrophenyl phosphate. Proteins exhibiting catalytic activity were then assayed for nucleotidase activity against various nucleotides. These screens identified the presence of nucleotidase activity in three uncharacterized E. coli proteins, SurE, YfbR, and YjjG, that belong to different enzyme superfamilies: SurE-like family, HD domain family (YfbR), and haloacid dehalogenase (HAD)-like superfamily (YjjG). The phosphatase activity of these proteins had a neutral pH optimum (pH 7.0-8.0) and was strictly dependent on the presence of divalent metal cations (SurE: Mn(2+) > Co(2+) > Ni(2+) > Mg(2+); YfbR: Co(2+) > Mn(2+) > Cu(2+); YjjG: Mg(2+) > Mn(2+) > Co(2+)). Further biochemical characterization of SurE revealed that it has a broad substrate specificity and can dephosphorylate various ribo- and deoxyribonucleoside 5'-monophosphates and ribonucleoside 3'-monophosphates with highest affinity to 3'-AMP. SurE also hydrolyzed polyphosphate (exopolyphosphatase activity) with the preference for short-chain-length substrates (P(20-25)). YfbR was strictly specific to deoxyribonucleoside 5'-monophosphates, whereas YjjG showed narrow specificity to 5'-dTMP, 5'-dUMP, and 5'-UMP. The three enzymes also exhibited different sensitivities to inhibition by various nucleoside di- and triphosphates: YfbR was equally sensitive to both di- and triphosphates, SurE was inhibited only by triphosphates, and YjjG was insensitive to these effectors. The differences in their sensitivities to nucleotides and their varied substrate specificities suggest that these enzymes play unique functions in the intracellular nucleotide metabolism in E. coli.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».