The effect of azobenzene cross-linker position on the degree of helical peptide photo-control
Notice bibliographique
Résumé
Photo-switchable α-helical peptides offer a valuable tool to probe protein-biomacromolecule interactions in a spatiotemporally controlled manner. We synthesized a series of 32 residue peptides (AA32 s) with the core structure Ac-W-(E1A2A3A4R5)6-Q-NH2 and introduced the azobenzene based cross-linker BSBCA via reaction with Cys residues spaced at i, i + 7 intervals in different positions along the helix. UV/Vis measurements show that the composition of the photostationary state as well as thermal relaxation rates do not change considerably with changes in cross-linker position. CD analysis shows that photo-control of helix folding/unfolding is most effective when the cross-linker is targeted to the middle of the peptide so long as this segment has a high intrinsic helical propensity. The largest degree of photo-controlled conformational change occurred when a cross-linked central region of high intrinsic helicity was followed on the C-terminal side by a region of lower intrinsic helicity. This indicates the BSBCA cross-linker can act as a nucleation site for N-to-C propagation of a helix. These data help to guide the choice of cross-linking site in larger peptides and proteins where photo-control of conformation is desired.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».