Cloning and characterization of resistance gene analogs from <i>Avena</i> species
Notice bibliographique
Résumé
Sequences analogous to plant resistance genes of the NBS-LRR class were cloned from the genomic DNA of 11 Avena species with different genomes and levels of ploidy. Three pairs of degenerate primers were used, based on conserved DNA sequence motifs belonging to the NBS domain, and 33 sequences were identified. These were subdivided into 7 classes depending on nucleotide sequence identity. Despite the high level of degeneracy, the primers behaved in a highly selective way; the majority of sequences from the different species obtained with every primer combination showed strong identity and were considered homologous. For most species, only one sequence of each class was identified in each genome, suggesting that duplicated sequences are fairly divergent. The strong identity among specific NBS sequences precludes any conclusions being made on the evolution of these species. The genomic organization of the RGA sequences was explored using those of A. strigosa as probes in Southern blots involving digested DNA from 15 Avena species. The hybridization patterns showed wide diversity both among sequences within a species and among species for each sequence. However, the dendrogram generated using the RFLPs showed relationships among species to be in good agreement with those previously established using other molecular markers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».