Genetic analysis of pbp2x in clinical Streptococcus pneumoniae isolates in Quebec, Canada
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To investigate the nature of the amino acid motifs found in penicillin-binding protein (PBP) 2x of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae isolates across the province of Quebec (Canada), and to obtain preliminary information regarding the prevalence of these alterations. METHODS: The pbp2x genomic region encompassing codons 178-703, which includes the entire region of the transpeptidase domain, was sequenced and compared for 52 clinical isolates comprising 20 penicillin-susceptible (PSSP), 20 penicillin-intermediate (PISP) and 12 penicillin-resistant (PRSP) pneumococci. RESULTS: The degree of diversity within PBP2x correlated with increased resistance to beta-lactam antibiotics. There were an average of 5.0 +/- 1.8 mutations in PSSP, 37.9 +/- 4.4 in PISP, and 63.0 +/- 2.0 in PRSP isolates when compared with the control penicillin-susceptible strain R6. At least six distinct amino acid profiles were identified among PISP strains isolated in Quebec. In contrast, all PRSP isolates shared a similar pattern of altered amino acids compared with the sequence from susceptible strains. CONCLUSIONS: These data will be useful in future studies to monitor the genetic changes associated with the emergence and spread of beta-lactam resistance in Quebec.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».