Assessment of multidrug resistance, clonality and virulence in non-PCV-13 <i>Streptococcus pneumoniae</i> serotypes in Canada, 2011–13
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Serotype replacement in Streptococcus pneumoniae following the implementation of a new vaccine has been associated with the emergence of non-vaccine serotypes as prominent causes of invasive pneumococcal disease (IPD). The aim of this study was to characterize specific non-PCV-13 serotypes 15A, 22F, 33F and 35B from IPD, isolated in Canada post-PCV-13 introduction in 2010. METHODS: Of 3802 IPD isolates collected from across Canada in 2011-13, 18.4% were found to be serotypes 15A, 22F, 33F and 35B. These 699 isolates were subjected to antimicrobial susceptibility testing, PFGE, MLST, molecular detection of pneumococcal pili and comparison with Pneumococcal Molecular Epidemiology Network (PMEN) clones. RESULTS: This study demonstrated clonal spread of specific STs, including MDR ST63 and its Sweden(15A)-25-related variants, the increasingly common ST433 and a variant of piliated, penicillin-non-susceptible ST558, related to PMEN clone Utah(35B)-24 (ST377). New STs of serotype 33F were identified. Several potential capsular switching events were identified within these serotypes. CONCLUSIONS: Non-PCV-13 serotype 22F is increasing in Canada through the rapid clonal expansion of ST433. Numerous new STs associated with serotype 33F indicate the potential divergence of the serotype. Serotypes 15A and 35B in Canada are related to international clones of S. pneumoniae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».