The Recognition Unit of FIBCD1 Organizes into a Noncovalently Linked Tetrameric Structure and Uses a Hydrophobic Funnel (S1) for Acetyl Group Recognition
Notice bibliographique
Résumé
We have recently identified FIBCD1 (Fibrinogen C domain containing 1) as a type II transmembrane endocytic receptor located primarily in the intestinal brush border. The ectodomain of FIBCD1 comprises a coiled coil, a polycationic region, and a C-terminal FReD (fibrinogen-related domain) that assembles into disulfide-linked homotetramers. The FIBCD1-FReD binds Ca(2+) dependently to acetylated structures like chitin, N-acetylated carbohydrates, and amino acids. FReDs are present in diverse innate immune pattern recognition proteins including the ficolins and horseshoe crab TL5A. Here, we use chemical cross-linking, combined with analytical ultracentrifugation and electron microscopy of the negatively stained recombinant FIBCD1-FReD to show that it assembles into noncovalent tetramers in the absence of the coiled coil. We use surface plasmon resonance, carbohydrate binding, and pulldown assays combined with site-directed mutagenesis to define the binding site involved in the interaction of FIBCD1 with acetylated structures. We show that mutations of central residues (A432V and H415G) in the hydrophobic funnel (S1) abolish the binding of FIBCD1 to acetylated bovine serum albumin and chitin. The double mutations (D393N/D395A) at the putative calcium-binding site reduce the ability of FIBCD1 to bind ligands. We conclude that the FReDs of FIBCD1 forms noncovalent tetramers and that the acetyl-binding site of FReDs of FIBCD1 is homologous to that of tachylectin 5A and M-ficolin but not to the FReD of L-ficolin. We suggest that the spatial organization of the FIBCD1-FReDs determine the molecular pattern recognition specificity and subsequent biological functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».