RET‐mediated gene expression pattern is affected by isoform but not oncogenic mutation
Notice bibliographique
Résumé
The inherited cancer syndrome multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN 2) is caused by mutations of the RET receptor tyrosine kinase and is characterized by medullary thyroid carcinoma. MEN 2 subtypes have distinct mutational spectrums and vary in severity. The most severe disease subtype, MEN 2B, is associated with a specific RET mutation (M918T) that has been predicted to alter downstream signaling and target gene expression patterns. We used gene expression microarray analysis to identify target genes modulated by RET. We compared two oncogenic RET mutants, associated with MEN 2A (2ARET) or MEN 2B (2BRET) disease subtypes, that are predicted to have distinct downstream target genes. We showed that overall, 2ARET and 2BRET modulated genes with similar functional ontologies. Further, when we validated our microarray data by quantitative real time PCR, we did not detect major differences in gene expression associated with these mutants when differences in receptor activity levels were considered. We did, however, detect differences in gene expression induced by two RET COOH-terminal isoforms, RET9 and RET51, irrespective of the RET form present (wildtype, 2ARET, or 2BRET). Our data suggest that similar transcriptional programs contribute to all forms of MEN 2 but that differences in target gene expression may contribute to developmental pattern differences observed between RET isoforms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».