The transcriptional program controlled by the stem cell leukemia gene Scl/Tal1 during early embryonic hematopoietic development
Notice bibliographique
Résumé
The basic helix-loop-helix transcription factor Scl/Tal1 controls the development and subsequent differentiation of hematopoietic stem cells (HSCs). However, because few Scl target genes have been validated to date, the underlying mechanisms have remained largely unknown. In this study, we have used ChIP-Seq technology (coupling chromatin immunoprecipitation with deep sequencing) to generate a genome-wide catalog of Scl-binding events in a stem/progenitor cell line, followed by validation using primary fetal liver cells and comprehensive transgenic mouse assays. Transgenic analysis provided in vivo validation of multiple new direct Scl target genes and allowed us to reconstruct an in vivo validated network consisting of 17 factors and their respective regulatory elements. By coupling ChIP-Seq in model cell lines with in vivo transgenic validation and sophisticated bioinformatic analysis, we have identified a widely applicable strategy for the reconstruction of stem cell regulatory networks in which biologic material is otherwise limiting. Moreover, in addition to revealing multiple previously unrecognized links to known HSC regulators, as well as novel links to genes not previously implicated in HSC function, comprehensive transgenic analysis of regulatory elements provided substantial new insights into the transcriptional control of several important hematopoietic regulators, including Cbfa2t3h/Eto2, Cebpe, Nfe2, Zfpm1/Fog1, Erg, Mafk, Gfi1b, and Myb.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».