2'-Deoxy-2'-fluoro-beta-D-arabinonucleosides and oligonucleotides (2'F-ANA): synthesis and physicochemical studies
Notice bibliographique
Résumé
Recently, hybrids of RNA and D-arabinonucleic acids (ANA) as well as the 2'-deoxy-2'-fluoro-D-arabinonucleic acid analog (2'F-ANA) were shown to be substrates of RNase H. This enzyme is believed to be involved in the primary mechanism by which antisense oligonucleotides cause a reduction in target RNA levels in vivo. To gain a better understanding of the properties of arabinose based oligonucleotides, we have prepared a series of 2'F-ANA sequences of homopolymeric (A and T) and mixed base composition (A, T, G and C). UV thermal melting and circular dichroic (CD) studies were used to ascertain the thermodynamic stability and helical conformation of 2'F-ANA/RNA and 2'F-ANA/DNA hybrids. It is shown that 2'F-ANA has enhanced RNA affinity relative to that of DNA and phosphorothioate DNA. The 2'-fluoroarabino modification showed favorable pairing to single-stranded DNA also. This is in sharp contrast to ANA, which forms weak ANA/DNA hybrids at best. According to the measured thermodynamic parameters for duplex formation, the increased stability of hybrids formed by 2'F-ANA (e.g., 2'F-ANA/RNA) appears to originate from conformational pre-organization of the fluorinated sugars and a favorable enthalpy of hybridization. In addition, NMR spectroscopy revealed a five-bond coupling between the 2'F and the base protons (H6/H8) of 2'-deoxy-2'-fluoro-beta-D-arabinonucleosides. This observation is suggestive of a through-space interaction between 2'F and H6/H8 atoms. CD experiments indicate that 2'F-ANA/RNA hybrids adopt an 'A-like' structure and show more resemblance to DNA/RNA hybrids than to the pure RNA/RNA duplex. This feature is believed to be an important factor in the mechanism that allows RNase H to discriminate between 2'F-ANA/RNA (or DNA/RNA) and RNA/RNA duplexes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».