Rapid Identification of Alleles at the Soybean Maturity Gene E3 using genotyping by Sequencing and a Haplotype‐Based Approach
Notice bibliographique
Résumé
In eastern Canada, earliness is an important trait for soybean given the short growing season. The aim of this work was to develop tools for breeders to rapidly identify alleles present in their germplasm at the recently cloned maturity locus E3 ( GmPhyA3 ). The tremendous throughput of modern DNA sequencing technology has allowed the use of genotyping by sequencing (GBS) approaches to identify and genotype thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) across the entire genome. We have used a GBS protocol and SNP‐calling pipeline optimized for soybean to characterize 53 near‐isogenic lines (NILs) contrasting for maturity loci. Results obtained clearly showed the suitability of GBS to provide a dense SNP coverage and very accurate information on the location and size of introgressed regions. We then developed a GBS haplotype method to characterize 91 plant introductions (PIs) as well as a set of 305 lines representative of the Eastern Canadian germplasm for their allelic status at the GmPhyA3 gene. Six distinct haplotypes in and around the E3 locus were observed. Subsequent tests on two genotypes per haplotype (PCR test for a previously reported allele, sequencing entire gene), and validation on a subset of lines, allowed to determine that each of these corresponded to a different allele of this gene. We found that the functional allele E3Ha and the loss of function allele e3‐tr were the two most prevalent in the Eastern Canadian germplasm, while the e3‐fs allele was found at low frequency and e3‐ns was absent. These results show that this approach is a powerful method for rapid allelic characterization, and its application to other maturity genes will be useful for breeding purposes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».