Abstract B28: Epigenetic contribution of Wnt antagonists SFRP1 and DKK1 as prognostic markers in colorectal cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Aberrant Wnt pathway activation is a vital carcinogenic event in colorectal cancer (CRC). DKK1 and SFRP1 encode extracellular inhibitors of canonical and canonical/non-canonical Wnt signaling, respectively, that are frequently silenced by promoter hypermethylation in CRC. Despite their known tumor-suppressive roles, few studies have systematically examined the prognostic/predictive significance of methylation in these genes in tumor development. Using a population-based genetic epidemiological approach, we investigated the methylation status of DKK1 and SFRP1 in a large cohort of primary CRCs and correlations to patient clinicopathological data. Methods: As part of a Canadian interdisciplinary initiative to study the genetic and environmental determinants of CRC, we accrued a large number of primary colorectal carcinoma cases diagnosed in the province of Ontario, representative of a heterogeneous population (n = 558), and in the province of Newfoundland, representative of a founder population (n = 650). We examined the methylation status of DKK1 and SFRP1 gene promoters in colorectal tumors and matched normal colon tissues using MethyLight assay, a semi-quantitative methylation detection technique. We examined correlations between methylation levels and frequency, and a comprehensive array of patient clinicopathological features such as: age, sex, tumor stage, grade, tumor MSI subtype, and clinical outcome. Statistical analysis was performed using 2-tailed Fisher's exact test, SPSS v16. Results: Respective DKK1 and SFRP1 methylation frequencies were similar in Ontario (13%, 95%) and Newfoundland (14%, 94%). Methylation was highly tumor specific. DKK1 methylation was a strong predictor of the microsatellite instability (MSI) tumor subtype in Ontario (OR=13.7 [7.8, 24.2], p < 0.001) and in Newfoundland (OR=3.9 [2.8, 5.6] p < 0.001). SFRP1 methylation was a predictor against MSI tumors in Ontario (OR=0.25 [0.15, 0.52], p < 0.001). Conclusion: Our study highlights the prognostic role of DKK1 and SFRP1 methylation related to CRC tumor subtype and suggests a novel distinction between the relative involvements of different Wnt pathways in microsatellite stable vs. unstable CRC. Citation Information: Clin Cancer Res 2010;16(7 Suppl):B28
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».