Identification and Functional Characterization of CbaR, a MarR-Like Modulator of the <i>cbaABC</i> -Encoded Chlorobenzoate Catabolism Pathway
Notice bibliographique
Résumé
In Comamonas testosteroni BR60 (formerly Alcaligenes sp. strain BR60), catabolism of the pollutant 3-chlorobenzoate (3CBA) is initiated by enzymes encoded by cbaABC, an operon found on composite transposon Tn5271 of plasmid pBRC60. The cbaABC gene product CbaABC converts 3CBA to protocatechuate (PCA) and 5-Cl-PCA, which are then metabolized by the chromosomal PCA meta (extradiol) ring fission pathway. In this study, cbaA was found to possess a sigma(70) type promoter. O(2) uptake experiments with whole cells and expression studies with cbaA-lacZ constructs showed that cbaABC was induced by 3CBA. Benzoate, which is not a substrate of the 3CBA pathway, was a gratuitous inducer, and CbaR, a MarR family repressor coded for by a divergently transcribed gene upstream of cbaABC, could modulate induction mediated by benzoate. Purified CbaR bound specifically to two regions of the cbaA promoter (P(cbaA)); site I, a high-affinity site, is between the transcriptional start point (position +1) and the start codon of cbaA, while site II, a lower-affinity site, overlaps position +1. 3CBA at concentrations as low as 40 microM interfered with binding to P(cbaA). PCA also interfered with binding, while benzoate only weakly disrupted binding. Unexpectedly, benzoate with a hydroxyl or carboxyl at position 3 improved CbaR binding. Data are also presented that suggest that an unidentified regulator is encoded on the chromosome that induces cbaABC in response to benzoate and 3CBA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».