The crystal structure of the RhoA–AKAP-Lbc DH–PH domain complex
Notice bibliographique
Résumé
The RhoGEF (Rho GTPase guanine-nucleotide-exchange factor) domain of AKAP-Lbc (A-kinase-anchoring protein-Lbc, also known as AKAP13) catalyses nucleotide exchange on RhoA and is involved in the development of cardiac hypertrophy. The RhoGEF activity of AKAP-Lbc has also been implicated in cancer. We have determined the X-ray crystal structure of the complex between RhoA-GDP and the AKAP-Lbc RhoGEF [DH (Dbl-homologous)-PH (pleckstrin homology)] domain to 2.1 Å (1 Å = 0.1 nm) resolution. The structure reveals important differences compared with related RhoGEF proteins such as leukaemia-associated RhoGEF. Nucleotide-exchange assays comparing the activity of the DH-PH domain to the DH domain alone showed no role for the PH domain in nucleotide exchange, which is explained by the RhoA-AKAP-Lbc structure. Comparison with a structure of the isolated AKAP-Lbc DH domain revealed a change in conformation of the N-terminal 'GEF switch' region upon binding to RhoA. Isothermal titration calorimetry showed that AKAP-Lbc has only micromolar affinity for RhoA, which combined with the presence of potential binding pockets for small molecules on AKAP-Lbc, raises the possibility of targeting AKAP-Lbc with GEF inhibitors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».