Characterization of<i>Phytophthora infestans</i>population diversity in Canada reveals increased migration and genotype recombination
Notice bibliographique
Résumé
Late blight, caused by Phytophthora infestans, is a devastating disease of potatoes and tomatoes that causes significant crop losses worldwide. Late blight diversity has been increasing since 2009 in many areas of Canada on both potatoes and tomatoes. Although the US-8 genotype of P. infestans has dominated pathogen populations in much of Canada for the past 15 years, novel genotypes have emerged in recent years. A comprehensive survey of late blight samples collected across Canada in 2011 indicated that although the US-8 genotype of P. infestans still dominated pathogen populations in Prince Edward Island, new US-23 and US-24 genotypes had become established in other parts of Canada. The US-11 and US-22 genotypes dominated populations of the pathogen from specific areas of Alberta and Ontario, respectively. Clonal propagation and migration contributed to long-distance transport of P. infestans genotypes and in some situations, both A1 and A2 mating types of the pathogen were found in the same production region. This finding is of concern because it increases the potential for sexual recombination within pathogen populations, leading to the production of oospores that can survive in the absence of host tissue and create new strains of P. infestans. Evidence for recombination in the P. infestans population was detected in Ontario on tomato. Segregation of Gpi allozymes and mating type appeared to occur independently of the RG57 loci, producing several new P. infestans genotypes. Prediction and management of late blight will need to be evaluated and modified to accommodate these new potentially aggressive P. infestans genotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».