In Vivo and In Vitro Protein Ligation by Naturally Occurring and Engineered Split DnaE Inteins
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Protein trans-splicing by naturally occurring split DnaE inteins is used for protein ligation of foreign peptide fragments. In order to widen biotechnological applications of protein trans-splicing, it is highly desirable to have split inteins with shorter C-terminal fragments, which can be chemically synthesized. PRINCIPAL FINDINGS: We report the identification of new functional split sites in DnaE inteins from Synechocystis sp. PCC6803 and from Nostoc punctiforme. One of the newly engineered split intein bearing C-terminal 15 residues showed more robust protein trans-splicing activity than naturally occurring split DnaE inteins in a foreign context. During the course of our experiments, we found that protein ligation by protein trans-splicing depended not only on the splicing junction sequences, but also on the foreign extein sequences. Furthermore, we could classify the protein trans-splicing reactions in foreign contexts with a simple kinetic model into three groups according to their kinetic parameters in the presence of various reducing agents. CONCLUSION: The shorter C-intein of the newly engineered split intein could be a useful tool for biotechnological applications including protein modification, incorporation of chemical probes, and segmental isotopic labelling. Based on kinetic analysis of the protein splicing reactions, we propose a general strategy to improve ligation yields by protein trans-splicing, which could significantly enhance the applications of protein ligation by protein trans-splicing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».