Alternative Promoter Usage and Splicing of <i>ZNF74</i> Multifinger Gene Produce Protein Isoforms with a Different Repressor Activity and Nuclear Partitioning
Notice bibliographique
Résumé
We have previously shown that ZNF74, a candidate gene for DiGeorge syndrome, encodes a developmentally expressed zinc finger gene of the Kruppel-associated box (KRAB) multifinger subfamily. Using RACE, RT-PCR, and primer extension on human fetal brain and heart mRNAs, we here demonstrate the existence of six mRNA variants resulting from alternative promoter usage and splicing. These transcripts encode four protein isoforms differing at their N terminus by the composition of their KRAB motif. One isoform, ZNF74-I, which corresponds to the originally cloned cDNA, was found to be encoded by two additional mRNA variants. This isoform, which contains a KRAB motif lacking the N terminus of the KRAB A box, was devoid of transcriptional activity. In contrast, ZNF74-II, a newly identified form of the protein that is encoded by a single transcript and contains an intact KRAB domain with full A and B boxes, showed strong repressor activity. Deconvolution immunofluorescence microscopy using transfected human neuroblastoma cells and nonimmortalized HS68 fibroblasts revealed a distinct subcellular distribution for ZNF74-I and ZNF74-II. In contrast to ZNF74-I, which largely colocalizes with SC-35 in nuclear speckles enriched in splicing factors, the transcriptionally active ZNF74-II had a more diffuse nuclear distribution that is more characteristic of transcriptional regulators. Taken with the previously described RNA-binding activity of ZNF74-I and direct interaction with a hyperphosphorylated form of the RNA polymerase II participating in pre-mRNA processing, our results suggest that the two ZNF74 isoforms exert different or complementary roles in RNA maturation and in transcriptional regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».