pH-Responsive DNA-Binding Activity of Helicobacter pylori NikR
Notice bibliographique
Résumé
Helicobacter pylori NikR (HpNikR) is a nickel-responsive transcription factor. In addition to a role in nickel homeostasis, HpNikR is proposed to serve as a master activator-repressor for H. pylori acid adaptation by directly or indirectly regulating the expression of a battery of genes. One potential mechanism of this regulation is modulation of the DNA-binding activity of HpNikR by the decrease in internal pH that occurs upon exposure to acidic shock. To test this hypothesis, several properties of HpNikR were investigated under acidic conditions. At pH 5.8, the secondary and quaternary structures of the protein are not affected, and it still binds stoichiometric nickel in the same site, although with a slightly weaker affinity than that at pH 7.6. DNA-binding assays performed at pH 5.8 reveal that, in contrast to pH 7.6, HpNikR binds to the ureA promoter in a nickel-independent fashion. Binding to the nikR promoter at the lower pH is nickel dependent, however. Deletion of amino acids 3-11 of HpNikR abolished the nickel-responsive activity and enhanced nonspecific DNA binding. Site-directed mutagenesis of HpNikR indicates that either Asp7 or Asp8 in the N-terminus of HpNikR plays a part in the activation of DNA binding. Furthermore, Lys6 contributes selectively to complex formation with the nikR promoter sequence. The direct influence of pH on the activity of HpNikR may be critical to the role of this activator-repressor in the viability of H. pylori.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».