Environmental and edaphic drivers of bacterial communities involved in soil N-cycling
Notice bibliographique
Résumé
The cycling of N in soil is supported both directly and indirectly by numerous microbial processes. These processes affect ecosystem fertility, but can also generate forms of N which have detrimental environmental impacts, such as N2O. Understanding drivers of biological communities involved in key N-transformations is therefore of much interest. The effects of physicochemical and environmental properties on the relative size (abundance within total DNA pool) of biological communities involved in 3 key N transformations were investigated. Soils from 14 locations spanning a rainfall gradient across 3 agricultural regions (Clare, Mallee, Balaclava) were sampled, with samples taken from the surface and at depth from each site. Based on PCA of physicochemical and environmental properties, the soils fell into 2 distinct groupings: Clare and Mallee + Balaclava ‘types’. The abundance of functional genes involved in N2 fixation (nifH), ammonia oxidation (amoA), and nitrate reduction (narG) was quantified in DNA extracted from the soils using real-time PCR. The abundance of the nifH gene varied significantly with site (P = 0.03) but not depth, and no regional association with nifH gene abundance was found. Multivariate analysis indicated that the abundance of nifH was positively correlated with soil total C (ρ = 0.382; P = 0.006). Similarly, the abundance of narG varied with site (P < 0.001) and not soil depth. The abundance of narG was positively correlated with increasing rainfall (ρ = 0.417; P = 0.002). The abundance of amoA did not significantly vary between soils, but significantly decreased with soil depth (P = 0.006). The abundance of amoA was negatively correlated with soil electrical conductivity and positively with organic C (combined ρ = 0.44; P = 0.003). Whereas there was no relationship between the abundance of nifH and amoA or narG, the abundance of amoA was positively correlated with the abundance of narG (P < 0.001). These results indicate that the abundance of the N cycling genes is independently affected by different physicochemical or environmental properties. The interactions between soil, environment, and the functionally significant biological communities they support are complex. To gain fuller understanding of soil N cycling, the ecology of the various biological components affecting N-transformations must be investigated simultaneously.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».