Volatile Fingerprinting (SPME-GC-FID) to Detect and Discriminate Diseases of Potato Tubers
Notice bibliographique
Résumé
Volatiles from Russet Burbank potatoes inoculated with Erwinia carotovora subsp. carotovora, E. carotovora subsp. atroseptica, Pythium ultimum, Phytophthora infestans, or Fusarium sambucinum were monitored by sampling the head space 3, 4, and 5 days after inoculation, using a solid phase microextraction (SPME) fiber to trap and gas chromatography with flame ionization detector (GC-FID) to fingerprint volatiles. Noninoculated (NON) potatoes served as the control. Volatile fingerprints varied among diseases. Within a disease, the fingerprints varied with time since inoculation and among blocks. In general, more volatiles were observed on the fourth and fifth day after inoculation than on the third day. The amount of volatile compounds produced (peak area) within a disease group increased with incubation time; however, the variation among blocks was much higher. The amount of volatiles produced, in general, was associated with disease severity. Disease-specific volatiles were observed. The F. sambucinum chromatogram had two unique peaks at retention time (RT) = 14.1 and 17.3 min. P. infestans produced few peaks and the profile was quite similar to NON. In contrast, E. carotovora subsp. carotovora, E. carotovora subsp. atroseptica, and Pythium ultimum produced many peaks, and the P. ultimum was different from the bacteria, in that the chromatogram peaks at RT = 4.04 and 8.76 min were absent. Instead, it produced a distinct peak at RT = 1.71 min. E. carotovora subsp. carotovora and E. carotovora subsp. atroseptica couldn't be discriminated based on unique peaks; however, they varied in concentration of volatiles produced. E. carotovora subsp. carotovora produced more of RT = 2.0 min and less of RT = 2.3 and 2.44 min than E. carotovora subsp. atroseptica. A back-propagation network (using neural networks) was developed to classify volatile profiles into six disease-groups. Cross-validation classification probabilities were NON = 71, E. carotovora subsp. carotovora = 71, E. carotovora subsp. atroseptica = 71, P. ultimum = 67, Phytophthora infestans = 46, and F. sambucinum = 75%.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».