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Enregistrement W2028463594 · doi:10.2135/cropsci2012.09.0526

Genomic, Marker‐Assisted, and Pedigree‐BLUP Selection Methods for β‐Glucan Concentration in Elite Oat

2013· article· en· W2028463594 sur OpenAlex
Franco G. Asoro, Mark A. Newell, William D. Beavis, M. Paul Scott, Nicholas A. Tinker, Jean‐Luc Jannink

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueCrop Science · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Mapping and Diversity in Plants and Animals
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesNational Institute of Food and AgricultureU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBiologyBest linear unbiased predictionSelection (genetic algorithm)AvenaMarker-assisted selectionGenomic selectionQuantitative trait locusBiotechnologyGeneticsGenotypeAgronomyGeneSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT β‐glucan, a soluble fiber found in oat ( Avena sativa L.) grain, is good for human health, and selection for higher levels of this compound is regarded as an important breeding objective. Recent advances in oat DNA markers present an opportunity to investigate new selection methods for polygenic traits such as β‐glucan concentration. Our objectives in this study were to compare genomic, marker‐assisted, and best linear unbiased prediction (BLUP)–based phenotypic selection for short‐term response to selection and ability to maintain genetic variance for β‐glucan concentration. Starting with a collection of 446 elite oat lines from North America, each method was conducted for two cycles. The average β‐glucan concentration increased from 4.57 g/100 g in Cycle 0 to between 6.66 and 6.88 g/100 g over the two cycles. The averages of marker‐based selection methods in Cycle 2 were greater than those of phenotypic selection ( P < 0.08). Progenies with the highest β‐glucan came from the marker‐based selection methods. Marker‐assisted selection (MAS) for higher β‐glucan concentration resulted in a later heading date. We also found that marker‐based selection methods maintained greater genetic variance than did BLUP phenotypic selection, potentially enabling greater future selection gains. Overall, the results of these experiments suggest that genomic selection is a superior method for selecting a polygenic complex trait like β‐glucan concentration.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,772
Score d'incertitude au seuil0,241

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle