Development of primers for the mitochondrial cytochrome <i> c</i> oxidase I gene in digenetic trematodes (Platyhelminthes) illustrates the challenge of barcoding parasitic helminths
Notice bibliographique
Résumé
The phylum Platyhelminthes is a diverse group of flatworms that includes parasites with serious impacts on human health, animal husbandry, aquaculture and wildlife management. Here we present degenerate primers for the barcode region of the mitochondrial cytochrome c oxidase I (COI) gene in flatworms. Although amplicons were obtained from a wide taxonomic range in the Cestoda and Trematoda, COI fragments from many taxa in these classes did not amplify. Primers specific to trematodes in the family Diplostomidae were also developed. Amplification success was much higher with diplostomid-specific primers and sequences were obtained from 504 of 585 specimens of Diplostomum and Tylodelphys. Sequences from the barcode region resolved all specimens to the species level, with mean divergence between congeners of 19% (3.9-25%). Because many of our specimens were small, we initially amplified part of the nuclear small subunit ribosomal (r) RNA gene to evaluate the quality and quantity of DNA in our specimens. Short sequences (~380 nt) of this gene were recovered from most specimens and can be used to distinguish specimens at the family level and often the generic level. We suggest that rRNA genes could be used to screen samples of completely unknown taxonomy, after which specific COI primers could be used to obtain species-level identifications.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».