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Enregistrement W2029480573 · doi:10.1186/s13058-014-0492-9

Associations of common breast cancer susceptibility alleles with risk of breast cancer subtypes in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers

2014· article· en· W2029480573 sur OpenAlexafffund
Karoline Kuchenbaecker, Susan L. Neuhausen, Mark E. Robson, Daniel Barrowdale, Lesley McGuffog, Anna Marie Mulligan, Irene L. Andrulis, Amanda B. Spurdle, Marjanka K. Schmidt, Rita K. Schmutzler, Christoph Engel, Barbara Wappenschmidt, Heli Nevanlinna, Mads Thomassen, Melissa C. Southey, Paolo Radice, Susan J. Ramus, Susan M. Domchek, Katherine L. Nathanson, Andrew Lee, Sue Healey, Robert L. Nussbaum, Timothy R. Rebbeck, Banu Arun, Paul A. James, Beth Y. Karlan, Jenny Lester, Ilana Cass, Breast Cancer Family Registry, Mary Beth Terry, Mary B Daly, David E. Goldgar, Saundra S. Buys, Ramūnas Janavičius, Laima Tihomirova, Nadine Tung, Cecilia M. Dorfling, Elizabeth J. van Rensburg, Linda Steele, Thomas van Overeem Hansen, Bent Ejlertsen, Anne‐Marie Gerdes, Finn C. Nielsen, Joe Dennis, Julie Cunningham, Steven N. Hart, Susan L. Slager, Ana Osório, Javier Benítez, M. Durán, Jeffrey N. Weitzel, Isaac Tafur, Mary Hander, Paolo Peterlongo, Siranoush Manoukian, Bernard Peissel, Gaia Roversi, Giulietta Scuvera, Bernardo Bonanni, P. Mariani, Sara Volorio, Riccardo Dolcetti, Liliana Varesco, Laura Papi, Maria Grazia Tibiletti, Giuseppe Giannini, Florentia Fostira, Irene Konstantopoulou, Judy Garber, Ute Hamann, Alan Donaldson, Carole Brewer, Claire Foo, D. Gareth Evans, Diana Eccles, Fiona Douglas, Angela F. Brady, Jackie Cook, Marc Tischkowitz, Julian Adlard, Julian Barwell, Kai-Ren Ong, Lisa Walker, Louise Izatt, Lucy Side, Michael J. Kennedy, Mark T. Rogers, Mary Porteous, Patrick J. Morrison, Radka Platte, Ros Eeles, Rosemarie Davidson, Shirley Hodgson, Andrew K. Godwin, Kerstin Rhiem, Alfons Meindl, Nina Ditsch, Norbert Arnold, Hansjoerg Plendl, Dieter Niederacher, Christian Sutter, Doris Steinemann, Nadja Bogdanova-Markov, Karin Kast, Raymonda Varon-Mateeva, Shan Wang-Gohrke, Andrea Gehrig, Birgid Markiefka, Bruno Buecher, Cédrick Lefol, Dominique Stoppa-Lyonnet, Étienne Rouleau, Fabienne Prieur, Francesca Damiola, Laure Barjhoux, Laurence Faivre, Michel Longy, Nicolas Sévenet, Olga M. Sinilnikova, Sylvie Mazoyer, Virginie Caux-Moncoutier, Claudine Isaacs, Tom Van Maerken, Kathleen Claes, Marion Piedmonte, Lesley Andrews, John L. Hays, Gustavo C. Rodriguez, Miguel de la Hoya, Sofia Khan, Frans B.L. Hogervorst, Cora M. Aalfs, J. Lange, Hanne Meijers‐Heijboer, Annemarie H. van der Hout, Juul Wijnen, KEP van Roozendaal, Arjen R. Mensenkamp, A M van den Ouweland, Rob B. van der Luijt, Edith Olah, Orland Dı́ez, Conxi Lázaro, Ignacio Blanco, Àlex Teulé, Mireia Menéndez, Anna Jakubowska, Jan Lubiński, Cezary Cybulski, Jacek Gronwald, Katarzyna Jaworska-Bieniek, Katarzyna Durda, Aðalgeir Arason, Christine Maugard, Penny Soucy, Marco Montagna, Simona Agata, Manuel R. Teixeira, Curtis Olswold, Noralane Lindor, V. Shane Pankratz, Emily Hallberg, Xianshu Wang, Csilla I. Szabo, Joseph Vijai, Marina Corines, Anne Lincoln, Andreas Berger, Anneliese Fink-Retter, Christian F. Singer, Christine Rappaport, Daphne Gschwantler Kaulich, Georg Pfeiler, Muy-Kheng Tea, Catherine M. Phelan, Mark H. Greene, Gad Rennert, Evgeny N. Imyanitov, Gord Glendon, Amanda Ewart Toland, Anders Bojesen, Inge Søkilde Pedersen, Uffe Birk Jensen, Maria A. Caligo, Eitan Friedman, Raanan Berger, Yael Laitman, Johanna Rantala, Brita Arver, Niklas Loman, Åke Borg, Hans Ehrencrona, Olufunmilayo I. Olopade, Jacques Simard, Douglas F. Easton, Georgia Chenevix‐Trench, Kenneth Offit, Fergus J. Couch, Antonis C. Antoniou

Notice bibliographique

RevueBreast Cancer Research · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensCancer Care OntarioUniversité LavalCentre hospitalier universitaire de QuébecLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesJonsson Comprehensive Cancer CenterEuropean Regional Development FundMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health Researchlékařská fakulta Univerzity KarlovyUniversity of California, San FranciscoNational Institutes of HealthNational Cancer InstituteLiga Portuguesa Contra o CancroMinistero dello Sviluppo EconomicoRadboud Universitair Medisch CentrumDeutsche KrebshilfeUniversitair Medisch Centrum GroningenUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterLeids Universitair Medisch CentrumPerelman School of Medicine, University of PennsylvaniaAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroNational Health and Medical Research CouncilJewish General HospitalKWF KankerbestrijdingState Education Development Agency Republic of LatviaLietuvos Mokslo TarybaIsrael Cancer AssociationOdense UniversitetshospitalOvarian Cancer Research FundLandspítali HáskólasjúkrahúsSusan G. KomenHungarian Scientific Research FundNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekMinistero della SaluteGeneralitat de CatalunyaRussian Foundation for Basic ResearchBeth Israel Deaconess Medical CenterErasmus Medisch CentrumVrije Universiteit AmsterdamNIH Office of the DirectorMinistério da Ciência, Tecnologia e InovaçãoUniversiteit LeidenIstituto Toscano TumoriCancer Association of South AfricaNational Breast Cancer FoundationNational Institute for Health and Care ResearchInstitut Català de la SalutUniversity of PennsylvaniaRadboud UniversiteitFundación Mutua MadrileñaMinistère du Développement Économique, de l’Innovation et de l’ExportationBreast Cancer Research FoundationMcGill UniversityUniverzita Karlova v PrazeClalit Health ServicesDeutsches KrebsforschungszentrumPeter MacCallum Cancer CentreHelsingin ja Uudenmaan SairaanhoitopiiriAmerican Cancer SocietyFonds Wetenschappelijk OnderzoekCancer Center, University of KansasCancerfondenCanadian Breast Cancer Research AllianceEuropean CommissionIstituto Oncologico VenetoRoyal Marsden NHS Foundation TrustHelsingin YliopistoMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterGénome QuébecDr. Ralph and Marian Falk Medical Research TrustKansas Bioscience AuthorityEuropean Social FundUniversity of ChicagoInstituto de Salud Carlos IIIOhio State UniversityCancer AustraliaU.S. Department of DefenseCancer Research UKUniversity of Southern California
Mots-clésBreast cancerSurgical oncologyMedicineAlleleOncologyMutationBRCA2 ProteinInternal medicineGeneticsCancerGermline mutationBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

INTRODUCTION: More than 70 common alleles are known to be involved in breast cancer (BC) susceptibility, and several exhibit significant heterogeneity in their associations with different BC subtypes. Although there are differences in the association patterns between BRCA1 and BRCA2 mutation carriers and the general population for several loci, no study has comprehensively evaluated the associations of all known BC susceptibility alleles with risk of BC subtypes in BRCA1 and BRCA2 carriers. METHODS: We used data from 15,252 BRCA1 and 8,211 BRCA2 carriers to analyze the associations between approximately 200,000 genetic variants on the iCOGS array and risk of BC subtypes defined by estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) and triple-negative- (TN) status; morphologic subtypes; histological grade; and nodal involvement. RESULTS: The estimated BC hazard ratios (HRs) for the 74 known BC alleles in BRCA1 carriers exhibited moderate correlations with the corresponding odds ratios from the general population. However, their associations with ER-positive BC in BRCA1 carriers were more consistent with the ER-positive associations in the general population (intraclass correlation (ICC) = 0.61, 95% confidence interval (CI): 0.45 to 0.74), and the same was true when considering ER-negative associations in both groups (ICC = 0.59, 95% CI: 0.42 to 0.72). Similarly, there was strong correlation between the ER-positive associations for BRCA1 and BRCA2 carriers (ICC = 0.67, 95% CI: 0.52 to 0.78), whereas ER-positive associations in any one of the groups were generally inconsistent with ER-negative associations in any of the others. After stratifying by ER status in mutation carriers, additional significant associations were observed. Several previously unreported variants exhibited associations at P <10(-6) in the analyses by PR status, HER2 status, TN phenotype, morphologic subtypes, histological grade and nodal involvement. CONCLUSIONS: Differences in associations of common BC susceptibility alleles between BRCA1 and BRCA2 carriers and the general population are explained to a large extent by differences in the prevalence of ER-positive and ER-negative tumors. Estimates of the risks associated with these variants based on population-based studies are likely to be applicable to mutation carriers after taking ER status into account, which has implications for risk prediction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,084
Score d'incertitude au seuil0,925

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,344
Écart entre enseignants0,324 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations69
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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