Tyrosine Phosphorylation of the Well Packed EphrinB Cytoplasmic β-Hairpin for Reverse Signaling
Notice bibliographique
Résumé
Tyrosine phosphorylation of the 22-residue cytoplasmic region of ephrinB induces its binding to the SH2 domain of Grb4, thus initiating reverse signaling pathways controlling cytoskeleton assembly and remodeling. Recently, the region corresponding to this 22-residue motif was demonstrated to adopt a well packed beta-hairpin structure with a high conformational stability in the unphosphorylated cytoplasmic subdomain. However, because the binding to Grb4 is phosphorylation-dependent and the hairpin contains three conserved tyrosine residues that may be phosphorylated, the key events remain unknown as to how tyrosine phosphorylation affects the structure of this well packed beta-hairpin and which phosphorylation site is relevant to SH2 domain binding. By characterizing the structural and binding properties of six 22-residue SH2 domain-binding motifs with different phosphorylated sites, the present study reveals that, as shown by circular dichroism and NMR, the unphosphorylated 22-residue motif adopts a well formed beta-hairpin structure in isolation from the ephrinB cytoplasmic subdomain. However, this beta-hairpin is radically abolished by tyrosine phosphorylation, regardless of the relative location and number of Tyr residues. Unexpectedly, the peptides with either Tyr304 or Tyr316 phosphorylated show high affinity binding to SH2 domain, whereas the peptide with Tyr311 phosphorylated has no detectable binding. This implies that ephrinB with Tyr311 phosphorylated might have a currently unidentified binding partner distinct from the Grb4 protein, because Tyr311 is known to be phosphorylated in vivo. Based on the results above, it is thus proposed that the disruption of the tight side-chain packing by tyrosine phosphorylation in the well structured region of a signaling protein may represent a general activation mechanism by which a cryptic binding site is disclosed for new protein-protein interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».