Efficacy and Site-Specificity of Adenoviral Vector Integration Mediated by the Phage φC31 Integrase
Notice bibliographique
Résumé
Adenoviral vectors deleted of all their viral genes (helper-dependent [HD]) are efficient gene-transfer vehicles. Because transgene expression is rapidly lost in actively dividing cells, we investigated the feasibility of using phage φC31 integrase (φC31-Int) to integrate an HD carrying an attB site and the puromycin resistance gene into human cells (HeLa) and murine myoblasts (C2C12) by co-infection with a second HD-expressing φC31-Int. Because the HD genome is linear, we also investigated whether its circularization, through expression of Cre using a third HD, affects integration. Efficacy and specificity were determined by scoring the number of puromycin-resistant colonies and by sequencing integration sites. Unexpectedly, circularization of HD was unnecessary and it even reduced the integration efficacy. The maximum integration efficacy achieved was 0.5% in HeLa cells and 0.1% in C2C12 myoblasts. Up to 76% of the integration events occurred at pseudo attP sites and previously characterized hotspots were found. A small (two- to three-fold) increase in the number of γ-H2AX positive foci, accompanied by no noticeable change in γ-H2AX expression, indicated the low genotoxicity of φC31-Int. In conclusion, integration of HD mediated by φC31-Int is an attractive alternative to engineer cells, because it permits site-specific integration of large DNA fragments with low genotoxicity. Robert and colleagues investigate the feasibility of using phage φC31 integrase to integrate a helper-dependent (HD) adenoviral vector into mammalian cells. Using this approach, the authors are able to achieve an integration efficacy of 0.5% and 0.12% in HeLa cells and C2C12 myoblasts, respectively. Moreover, they report that up to 76% of the integration events occur at pseudo attP sites and previously characterized hot spots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».