Transcript expression profile of water-limited roots of hexaploid wheat (<i>Triticum aestivum</i>‘Opata’)
Notice bibliographique
Résumé
Triticum aestivum 'Opata' is an elite hard red spring wheat that has been used as a parent of the ITMI (International Triticeae Mapping Inititative) mapping population and also in the production of synthetically derived hexaploid wheats, some of which (following selection) show increased drought tolerance relative to Opata. Here, we describe the response of Opata roots to water withholding, using physiological variables and oligonucleotide microarrays. We identified 394 distinct transcripts whose abundance differed (p < or = 0.05) at least 1.5-fold between water-limited and control roots of Opata, of which 190 transcripts increased and 204 decreased following water limitation. In addition to previously characterized markers of abiotic stress and many genes of unknown function, we identified multiple putative glucanases and class III peroxidases as being particularly responsive to stress. We also compared these data to previously described microarray analyses of Opata's more drought-tolerant, synthetic-derived progeny, and found a relatively high correlation (r = 0.7) between responsive transcripts in the two genotypes, despite differing physiological responses. Some of the transcripts that we confirmed by qRT-PCR as being differentially expressed between Opata and the more tolerant synthetic-derived genotype under stress include a class III peroxidase, an AP2-family transcription factor, and several transcripts of unknown function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».