Structures of parasitic CDPK domains point to a common mechanism of activation
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Notice bibliographique
Résumé
We recently determined the first structures of inactivated and calcium-activated calcium-dependent protein kinases (CDPKs) from Apicomplexa. Calcium binding triggered a large conformational change that constituted a new mechanism in calcium signaling and a novel EF-hand fold (CAD, for CDPK activation domain). Thus we set out to determine if this mechanism was universal to all CDPKs. We solved additional CDPK structures, including one from the species Plasmodium. We highlight the similarities in sequence and structure across apicomplexan and plant CDPKs, and strengthen our observations that this novel mechanism could be universal to canonical CDPKs. Our new structures demonstrate more detailed steps in the mechanism of calcium activation and possible key players in regulation. Residues involved in making the largest conformational change are the most conserved across Apicomplexa, leading us to propose that the mechanism is indeed conserved. CpCDPK3_CAD and PfCDPK_CAD were captured at a possible intermediate conformation, lending insight into the order of activation steps. PfCDPK3_CAD adopts an activated fold, despite having an inactive EF-hand sequence in the N-terminal lobe. We propose that for most apicomplexan CDPKs, the mode of activation will be similar to that seen in our structures, while specific regulation of the inactive and active forms will require further investigation.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle