Characterization of the survival motor neuron (SMN) promoter provides evidence for complex combinatorial regulation in undifferentiated and differentiated P19 cells
Notice bibliographique
Résumé
There exist two SMN (survival motor neuron) genes in humans, the result of a 500 kb duplication in chromosome 5q13. Deletions/mutations in the SMN1 gene are responsible for childhood spinal muscular atrophy, an autosomal recessive neurodegenerative disorder. While the SMN1 and SMN2 genes are not functionally equivalent, up-regulation of the SMN2 gene represents an important therapeutic target. Consequently, we exploited in silico, in vitro and in vivo approaches to characterize the core human and mouse promoters in undifferentiated and differentiated P19 cells. Phylogenetic comparison revealed four highly conserved regions that contained a number of cis-elements, only some of which were shown to activate/repress SMN promoter activity. Interestingly, the effect of two Sp1 cis-elements varied depending on the state of P19 cells and was only observed in combination with a neighbouring Ets cis-element. Electrophoretic mobility-shift assay and in vivo DNA footprinting provided evidence for DNA-protein interactions involving Sp, NF-IL6 and Ets cis-elements, whereas transient transfection experiments revealed complex interactions involving these recognition sites. SMN promoter activity was strongly regulated by an NF-IL6 response element and this regulation was potentiated by a downstream Ets element. In vivo results suggested that the NF-IL6 response must function either via a protein-tethered transactivation mechanism or a transcription factor binding an upstream element. Our results provide strong evidence for complex combinatorial regulation and suggest that the composition or state of the basal transcription complex binding to the SMN promoter is different between undifferentiated and differentiated P19 cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».