Development and validation of an RNA- and DNA-based quantitative PCR assay for determination of Kudoa thyrsites infection levels in Atlantic salmon Salmo salar
Notice bibliographique
Résumé
Quantitative PCR (QPCR) methods targeting the 18S rDNA gene (DNA QPCR) and cathepsin L mRNA (RNA QPCR) from Kudoa thyrsites (Gilchrist) were developed and compared with histology for determination of K. thyrsites infection levels in Atlantic salmon Salmo salar L. Both QPCR tests were specific, reproducible and sensitive down to 3 copies. DNA QPCR was able to detect lower K. thyrsites infection levels than those detected by RNA QPCR and histology. The higher sensitivity of the DNA-based test compared with the RNA-based test appeared to be biological in nature and suggested that when infection levels were low, there were fewer copies of cathepsin L mRNA than 18S rDNA genes. However, all 3 diagnostic methods were highly correlated. Regression analyses comparing DNA QPCR and histology data from 2 distinct groups of fish showed that the relationship between these 2 diagnostic methods was reproducible. A logistic regression analysis comparing diagnostic data with a visual assessment of post-mortem flesh quality indicated that histology was the single best predictor of flesh quality, followed by DNA QPCR and then RNA QPCR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».