Tandem repeat DNA: applications in mutation analysis
Notice bibliographique
Résumé
Non-coding tandem repeat DNA sequences have high rates of mutation that facilitate the measurement of induced mutation in small sample sizes. It has been suggested that these loci may be useful biomarkers for heritable genetic mutation induced by exposure to genotoxic agents. Significant induction of mutation is quantifiable in the germline of mice exposed to mutagens. The primary focus of this work has been on exposure to radiation. The data suggest that meiosis or DNA replication/repair may be required for induction of mutation in the germline at tandem repeats. Mutations arise via indirect mechanisms rather than by direct damage to the repeat locus itself, therefore reflecting genomic instability rather than targeted DNA damage. These markers have also been used to measure induced germline mutations in animals exposed to ambient levels of urban air pollution. The mutagenicity is associated with particulate matter in the air but the exact chemical nature of the mutagens is unknown. Lack of knowledge of the relationship between ESTR instability and gene mutation, and lack of understanding of the mechanisms resulting in instability prevent inference on the health-related implications of induced tandem repeat mutation. We have developed single-molecule PCR approaches to study ESTR instability in vitro. This method circumvents the requirement of sub-cloning and allows for many more individual ESTR alleles to be examined. These types of laboratory-based experiments will be crucial in clarifying the types of chemicals that can generate tandem repeat instability and thereby provide insight into the mechanisms of action and the putative mutagens found in complex environmental matrices.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».