Quantification of microcystin-producing cyanobacteria and E. coli in water by 5'-nuclease PCR
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: 5'-Nuclease (real-time, quantitative) PCR methodologies were developed and applied as diagnostic tools for the detection of microcystin-producing cyanobacteria and Escherichia coli in water. METHODS AND RESULTS: PCR was used to detect regions of the lacZ gene in E. coli, and the microcystin synthetase gene in microcystin-producing cyanobacteria. In environmental water samples, natural inhibitors to PCR were effectively removed with a prefiltration step and an EDTA wash. A lower detection limit of 10 cells ml(-1) was obtained with endpoint PCR detection. 5'-Nuclease PCR was used for microbial quantification of 1 ml inoculated water samples. We were able to detect down to three copies of our target genes per sample within about 2 h (post-DNA isolation) for both E. coli and microcystin-producing cyanobacteria. CONCLUSIONS: 5'-Nuclease PCR offers a rapid and sensitive method of bacterial quantification in water samples. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: 5'-Nuclease PCR can be adopted as an effective diagnostic tool for monitoring microbiological water quality, through coliform quantification, and detection of other waterborne microbial pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».