The Evolution of Vertebrate Antigen Receptors: A Phylogenetic Approach
Notice bibliographique
Résumé
Classical T cells, those with alpha beta T-cell receptors (TCRs), are an important component of the dominant paradigm for self-nonself immune recognition in vertebrates. alpha beta T cells recognize foreign peptide antigens when they are bound to MHC molecules on the surfaces of antigen-presenting cells. gamma delta T cells bear a similar receptor, and it is often assumed that these T cells also require specialized antigen-presenting molecules for immune recognition, which we term "indirect antigen recognition." B-cell receptors, or immunoglobulins, bind directly to antigens without the help of a specialized antigen-presenting molecule. Phylogenetically, it has been assumed that T-cell receptors and the genes that encode them are a monophyletic group, and that "indirect" antigen recognition evolved before the split into two types of TCR. Recently, however, it has been proposed that gamma delta-TCRs bind directly to antigens, as do immunoglobulins (Ig's). This calls into question the null hypothesis that indirect antigen recognition is a common characteristic of TCRs and, by extension, the hypothesis that all TCR gene sequences form a monophyletic group. To determine whether alternative explanations for antigen recognition and other historical relationships among TCR genes might be possible, we performed phylogenetic analyses on amino acid sequences of the constant and variable regions which encode the basic subunits of TCR and Ig molecules. We used both maximum-parsimony and genetic distance-based methods and could find no strong support for the hypothesis of TCR monophyly. Analyses of the constant region suggest that TCR gamma or delta sequences are the most ancient, implying that the ancestral immune cell was like a modern gamma delta T cell. From this gamma delta-like ancestor arose alpha beta T cells and B cells, implying that indirect antigen recognition is indeed a derived property of alpha beta-TCRs. Analyses of the variable regions are complicated by strong selection on antigen-binding sequences, but imply that direct antigen binding is the ancestral condition.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».