An extremely SAD case: structure of a putative redox-enzyme maturation protein from<i>Archaeoglobus fulgidus</i>at 3.4 Å resolution
Notice bibliographique
Résumé
This paper describes the crystal structure of AF0173, a putative redox-enzyme maturation protein (REMP) from Archaeoglobus fulgidus. The REMPs serve as chaperones in the maturation of extracytoplasmic oxidoreductases in archaea and bacteria. The all-helical subunits of AF0173 form a dimer arising from the interaction of residues located in a funnel-shaped cavity on one subunit surface with an uncut expression tag from the other subunit. This cavity is likely to represent a binding site for the twin-arginine motif that interacts with REMPs. The conservation of the overall fold in AF0173 and bacterial REMPs as well as the presence of conserved residues in their putative binding sites indicates that REMPs act in a similar manner in archaea and bacteria despite their limited sequence similarity. A model of the binding of the twin-arginine motif by AF0173 is suggested. The solution of the AF0173 structure by the single anomalous dispersion method represents an extreme case of SAD structure determination: low resolution (3.4 A), the absence of NCS and the presence of only two anomalously scattering atoms in the asymmetric unit. An unusually high solvent content (73%) turned out to be important for the success of the density-modification procedures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».